El avión (FAB 6704) ha sido modernizado para desempeñar sus funciones de AEW&C, así como para apoyar misiones más amplias de inteligencia, vigilancia y reconocimiento (ISR). Se trata del primer avión entregado en su configuración FOC, cuyos sistemas han sido plenamente certificados para su uso por la FAB. Los cuatro aviones entregados anteriormente se actualizarán a este estándar.

Basado en el avión de negocios EMB 145 de Embraer, el E-99M cuenta ahora con un radar Saab Erieye de barrido electrónico activo (AESA) actualizado y sistemas de mando y control. El avión también ha sido equipado con un nuevo sistema de no comunicación (NCOM); transpondedor de identificación amigo-enemigo (IFF); siete radios V/UHF definidas por software; un nuevo sistema de audio de misión con tecnología de protocolo de voz sobre Internet (VoIP); y un nuevo grabador de audio y datos de misión, así como una función de enlace de datos adaptada a una nueva arquitectura. El interior del avión también se ha actualizado para mejorar el confort de la tripulación y ampliar la capacidad operativa del tipo con cinco consolas rediseñadas y optimizadas para un uso más eficiente de los sistemas actualizados del E-99M.